このサイトが何か
13の公開計算ツールは9つのカテゴリに分かれています。希釈と濃度、分子生物学、DNAとRNA、タンパク質、細胞培養、単位変換、実験室実務、実験計画、参考データです。これらに加えて、単発の計算ではなくワークスペースが3つあります。96ウェルプレートプランナー、試薬在庫台帳、そして各値の出典を明かす参考テーブル集です。
すべて無料であり、ログインの背後に制限されたものは何もなく、プレビューや仮置きとして標識されたツールもありません。サイトはあなたのブラウザに届けられるページの集まりで、あなたをモデル化するサーバー側処理は存在しません。
なぜ存在するのか
この計算の大部分はよく知られたものです。1年間連続希釈を続けてきた技術者に、C₁V₁ = C₂V₂ が何を意味するかを説明する必要はありません。疲れるのも、午後4時に試験管を手にした状態で失敗するのも、その都度組み直して導く作業です。逆にすべき係数、静かに変わった単位、紙の上では問題なかったのにウェルの中では不可能な容量です。
BiomeBenchはその層を退屈なものにするために存在します。実験についての判断を置き換えようとしているのではなく、その下にある小さな計算上の不確かさをなくそうとしています。
手法は隠さず表面に
各計算ツールは、結果と同じページ上で、自分が適用する関係式・それが依拠する仮定・自身の妥当性の限界を明示します。すべてのツールにそのためのパネルがあります。数式の由来となった文献は示唆に留めず引用され、単位は前提にせず表示されます。単位が見えない数は、誰も検証できない数だからです。
これは設計上の方針であり、気配りではありません。手法を見せようとしないツールは利用者に信頼を要求しますが、ベンチでは信頼は間違った道具です。
計算はどのように確かめられるか
通常のユニットテストに加えて、本プロジェクトは2つの検証スイートを維持しています。これらは計算ツールの出力とプレートへの配分を第一原理から再計算します（同じ転記エラーは自分自身を捉えられないため、意図的に別の数値経路をとり、明示した許容差の下で両者を比較します）。これらのスイートは、自身の出典監査によって、検証対象のコードをインポートすることが禁じられています。
それが何を示し、何を示さないのかを率直に書いておきます。示されるのは、文書化されたモデルに対する2つの独立した実装が許容差内で一致する、ということです。あなたのアッセイにそのモデルが正しいことまでは示されず、これはプロジェクトの外にいる誰かによる検証でもありません。
あなたの作業はあなたのマシンに留まる
入力値はブラウザ内で処理され、どこにも送信されません。あなたが保存することを選んだ作業——レイアウト、在庫の項目、取り込んだ結果——は、biomebench- で始まるキーの下にあなたのブラウザ自身のローカルストレージへ書き込まれ、そこから削除できます。本サイトはCookieを設定せず、解析や広告のスクリプトも読み込みません。
これは約束というよりも設計上の帰結です。アカウントもデータベースもないため、実験データが蓄積する場所がありません。
BiomeBenchが主張しないこと
本サイトは実験室情報管理システムではなく、機器を預かることも試薬を発注することも、公式の記録システムになることもしません。臨床的・診断的・治療的な指針は提供任何つもしません。サブスクリプションによる収益化はしておらず、施設がすでに導入している可能性のある大規模商業スイート製品との対抗として位置づけられることもしません。
認証も認定も推薦も何も公表しておらず、本サイトの背後に法人が存在すると主張することもありません。本プロジェクトが自分のコードから答えを出せない点については、このページの記述は推測するのではなくその旨を記します。
ベンチでの1日にどこで役立つか
計算は1つの問いに答えます。結果は、作業中の実験に取り込んでから、別の場所での入力として再利用できます。すでに解いた希釈をプレートレイアウトに打ち直す必要はなくなります。プランナーはそれをウェルに変換し、レイアウトの容量と空間的な整合を確かめ、持ち運び可能な記録として出力します。在庫機能は、その試薬がまだあるかどうかの問いに翌朝答えます。
現在のプレート作業は96ウェルです。行はAからH、列は1から12まで。その他のプレート形状には、不完全に対応するのではなく対応していません。