Ce qu’est ce site
Treize calculateurs publiés se répartissent en neuf catégories : dilution et concentration, biologie moléculaire, ADN et ARN, protéines, culture cellulaire, conversion d’unités, pratique du laboratoire, planification expérimentale et données de référence. À côté d’eux se trouvent trois espaces de travail plutôt que des calculs isolés : un planificateur de plaque 96 puits, un registre d’inventaire de réactifs et un ensemble de tables de référence dont les valeurs nomment leurs sources.
Tout est gratuit, rien n’est fermé derrière une connexion, et aucun outil n’est marqué comme aperçu ou comme espace réservé. Le site est un ensemble de pages servies à votre navigateur ; il n’y a aucun serveur qui vous modélise.
Pourquoi il existe
L’essentiel de cette arithmétique est connu. Un technicien qui a fait des dilutions en série pendant un an n’a pas besoin qu’on lui rappelle ce que dit C₁V₁ = C₂V₂. Ce qui fatigue, et ce qui tourne mal à seize heures un tube en main, c’est de tout redériver : le facteur qu’il fallait inverser, l’unité qui a changé en silence, le volume qui passait très bien sur le papier et devient impossible dans un puits.
BiomeBench existe pour rendre cette couche ennuyeuse. Il ne cherche pas à remplacer le jugement sur une expérience ; il cherche à supprimer la petite incertitude arithmétique qui se trouve au-dessous.
Les méthodes en surface, pas cachées
Chaque calculateur énonce la relation qu’il applique, les hypothèses sur lesquelles il repose et les limites de sa propre validité, sur la même page que son résultat. Chaque outil dispose d’un panneau pour cela. La littérature dont une formule est tirée est citée plutôt que sous-entendue, et les unités sont affichées plutôt que supposées, parce qu’un nombre dont l’unité est invisible est un nombre que personne ne peut vérifier.
C’est une position de conception, pas une politesse. Un outil qui refuse de montrer sa méthode vous demande de lui faire confiance, et la confiance est le mauvais outil sur la paillasse.
Comment l’arithmétique est vérifiée
Au-delà des tests habituels, le projet tient deux suites de vérification qui recalculent à partir des premiers principes les sorties des calculateurs et les répartitions sur plaque — par une route numérique volontairement différente, puisqu’une même erreur de transcription ne peut pas se détecter elle-même — et comparent les deux sous une tolérance énoncée. Ces suites sont exclues, par leur propre audit de sources, d’importer le code qu’elles vérifient.
Il faut dire simplement ce que cela établit et ce que cela n’établit pas. Cela établit que deux implémentations indépendantes d’un modèle documenté concordent à une tolérance près. Cela n’établit pas que le modèle soit juste pour votre essai, et ce n’est pas une validation par quelqu’un hors du projet.
Vos travaux restent sur votre machine
Les saisies sont traitées dans le navigateur et ne sont envoyées nulle part. Ce que vous choisissez d’enregistrer — une disposition, une entrée d’inventaire, un résultat capturé — est écrit dans le stockage local de votre propre navigateur, sous des clés commençant par biomebench-, et cela peut y être supprimé. Le site ne dépose pas de cookies et ne charge aucun script d’analyse ou de publicité.
C’est une conséquence de l’architecture plutôt qu’une promesse : sans compte et sans base de données, il n’y a nulle part où des données expérimentales puissent s’accumuler.
Ce que BiomeBench ne revendique pas
Ce n’est pas un système de gestion d’informations de laboratoire ; il ne garde pas un instrument, ne commande pas un réactif et ne devient pas un système d’enregistrement faisant foi. Il ne propose aucune orientation clinique, diagnostique ou thérapeutique. Il n’est pas monétisé par des abonnements, et ne se positionne pas contre les grandes suites commerciales qu’un établissement utilise peut-être déjà.
Il ne publie aucune certification, aucune accréditation et aucun agrément, et n’affirme aucune entité morale derrière le site. Là où le projet ne peut pas répondre de quelque chose à partir de son propre code, les pages d’ici le disent au lieu de deviner.
Où cela se place dans une journée de paillasse
Un calcul répond à une question. Un résultat peut ensuite être rattaché à l’expérience sur laquelle vous travaillez et réemployé comme saisie ailleurs, de sorte qu’une dilution déjà résolue n’a pas à être retapée dans une disposition de plaque. Le planificateur en fait des puits, vérifie la disposition en volume et en cohérence spatiale, et exporte un enregistrement portable. L’inventaire répond, le lendemain matin, à la question de savoir si le réactif est toujours en stock.
Le travail sur plaque est aujourd’hui en 96 puits : lignes A jusqu’à H, colonnes 1 jusqu’à 12. Les autres géométries de plaque ne sont pas prises en charge, plutôt que de l’être mal.