Calculateur de température de fusion d’oligonucléotides
Estimez la température de fusion d’un oligonucléotide ADN à l’aide de deux formules complémentaires. La règle de Wallace (4·(G+C) + 2·(A+T)) est rapide et précise pour les amorces courtes (<18 nt) ; le modèle du plus proche voisin utilise un jeu de paramètres publiés et est préféré pour les oligos plus longs. Les deux respectent une concentration en sodium non standard.
Calculateur
Saisissez une séquence et calculez pour voir la température de fusion
Température de fusion (Tm)
≤ 13 nt: Tm = 2(A+T) + 4(G+C) · 14–70 nt: Tm = 64.9 + 41 × (G+C − 16.4) / length
Les oligos courts utilisent la règle de Wallace (chaque paire A/T apporte 2 °C, chaque paire G/C 4 °C). Les oligos plus longs utilisent la formule GC de base. Tous deux supposent des conditions standard pauvres en sel — voir les limites sous le calculateur.
À propos de ce calcul
De quoi il s'agit
Tm is the temperature at which half the oligo is single-stranded and half is base-paired with its perfect complement. Below Tm the duplex is favoured; above it, the strands separate. PCR annealing temperatures are set a few degrees below Tm.
Pourquoi on l'utilise
A working annealing temperature is the difference between a clean band and a smear. The Wallace rule is a quick estimate for short primers; the nearest-neighbour model accounts for sequence context and is the better choice for oligos longer than ~18 nt.
L'intérêt de ce calculateur
Both formulas are short, but the salt correction and the choice between methods are easy to slip. The calculator shows the Wallace value, the nearest-neighbour value, and the salt-adjusted versions side by side, so the right number is obvious before you run the PCR.
Hypothèses clés
- The oligo is DNA (RNA needs a different parameter set, not provided here).
- The sodium concentration is the monovalent cation concentration in your reaction.
- The oligo has no modified bases or labelled dyes with their own Tm shift.
Limites
- Tm estimates ignore DMSO, betaine, or other PCR additives that change duplex stability.
- The nearest-neighbour parameters are an average across conditions; mismatch prediction requires dedicated software.
- Hairpins and self-dimers can dominate real annealing behaviour for some sequences — use a dedicated tool for those.
Ce que cet outil calcule
- Température de fusion (Tm) °C
- Estimated temperature at which half of the duplexes are dissociated.
- Longueur nt
- Number of nucleotides in the sequence.
- Teneur en GC %
- Percentage of G and C bases in the sequence.
Questions fréquentes
Qu'est-ce que la température de fusion (Tm) d'un oligonucléotide ?
La Tm est la température à laquelle la moitié des doubles brins d'ADN s'est séparée en simples brins. Elle dépend de la longueur et de la composition en bases, les paires G·C apportant plus de stabilité que les paires A·T. Ce calculateur estime la Tm en °C à partir d'une séquence de 5 à 70 nt et indique la longueur et la teneur en GC avec elle.
Comment utiliser le calculateur de Tm d'amorce ?
Saisissez une séquence d'ADN simple brin de 5 à 70 nucléotides en utilisant uniquement les bases A, C, G et T ; la vérification n'est pas sensible à la casse. Le calculateur renvoie la température de fusion, la longueur et le pourcentage de GC, et choisit la formule selon la longueur de l'oligo. Les codes d'ambiguïté et les séquences de plus de 70 nt sont rejetés plutôt qu'estimés.
Quelle formule ce calculateur utilise-t-il, et pourquoi bascule-t-il à 13 nt ?
Les oligos de 13 nt ou moins utilisent la règle de Wallace : 2 °C par A/T plus 4 °C par G/C, la règle empirique 2+4 pour les amorces courtes. Les oligos plus longs, jusqu'à 70 nt, utilisent la formule GC de base, 64,9 + 41 × (G+C − 16,4) / longueur, qui tient compte de la longueur et de la teneur en GC. Le simple comptage de Wallace perd en précision quand les oligos grandissent, aussi la bascule se fait automatiquement à la frontière.
Quelle est la différence entre température de fusion et température d'hybridation ?
La Tm est une propriété du duplex de l'oligo : la température où la moitié est dissociée. La température d'hybridation (recuisson) est celle que vous réglez réellement sur le thermocycleur pour la liaison de l'amorce durant la PCR, généralement choisie quelques degrés sous la Tm de l'amorce. Ce calculateur ne vous donne que la valeur de Tm ; il ne calcule pas de température d'hybridation pour un protocole donné.
Pourquoi ma Tm mesurée est-elle plus élevée que la valeur de ce calculateur ?
Les formules de Wallace et GC de base sont des estimations empiriques établies dans des conditions d'essai standard d'environ 50 ng/µL d'oligo, faible cation monovalent, et pH autour de 7, sans aucune correction de sel. Dans des conditions salines typiques de PCR, comme 50 mM de K⁺, la Tm réelle se situe plusieurs degrés au-dessus de ce que rapportent ces formules. Elles ne sont pas une thermodynamique voisin-le-plus-proche et ne modèlent aucune structure secondaire ; pour des constructions critiques, validez avec un outil voisin-le-plus-proche ou une PCR à gradient.
À usage uniquement scientifique et pédagogique. Ne convient pas aux décisions cliniques ou diagnostiques. Vérifiez toujours vos calculs de manière indépendante avant toute utilisation critique.